عندما كان تحت مسمى (قسم الاحياء) بكلية العلوم بالجامعة فكان يشكل أحد روافد المجتمع العلمي التي تعد أساسا مهما في حركة المجتمع وهو من ضمن الأقسام الرئيسية للكلية وكانت بداية اول عام دراسي (1989/1990م) كأحد أقسام الكلية وكان يضم (علم النبات وعلم الحيوان) وفي العام الدراسي 2005/2006م أصبح قسم علم النبات قسماً مستقلاً بدأته.
يقوم قسم علم النبات بالكلية بتدريس طلاب بعض الأقسام بالكلية والكليات الأخرى بدرجات متفاوتة وذلك من خلال مشاركته بتدريس مقررات قسم علم الحيوان المتمثلة في المواد الاتية (احياء دقيقة عامة / نبات عام /علم الفيروسات / احياء دقيقة طبية واساسيات علم البيئة) كما يشارك القسم في تدريس بعض مقررات من كلية الزراعة الكليات الطبية.
وقد تم تخريج أول دفعة في تخصص علم النبات خلال العام الدراسي 2008/2009 م بعدد (11) طالب وطالبة وبعد ذلك أستمر القسم في تخريج دفعات متتالية لكل فصل دراسي.
يوجد بالقسم (11) احدى عشر عضو هيئة تدريس فمنهم من هو متحصل على درجة الماجستير من قسم الاحياء بجامعة سرت ومنهم من هو متحصل على درجة الماجستير والدكتوراه من جامعات خارج ليبيا ويسعى القسم لتوفير تعليم جامعي متميز في مجال علم النبات والميكروبيولوجي وتزويد المجتمع المحلي و الخارجي بالمتخصصين الأكفاء و المدربين في البحث العلمي ومجال العمل وقادرين على المنافسة في سوق العمل. ولتحقيق هذا الهدف السامي فإن القسم يقوم بشكل دائم ومستمر بتطوير الخطط والبرامج الدراسية به وتقييم الأداء والاستفادة من تقنية الاتصالات والتكنولوجيا الحديثة والمتقدمة لخدمة العملية التعليمية فمن أولويات القسم تخريج دفعات مؤهلة قادرة على خدمة المجتمع برؤية واستراتيجية واضحة وسباقة.